Insbesondere in den seit 2000 entstandenen Romanen kombiniert Hettche fingierte Geschichten mit historischen Begebenheiten. Daraus entsteht ein im hohen Maße literarisches Spiel mit und um Biografie. Darüber hinaus sind seine Werke stark literaturtheoretisch-philosophisch geprägt. Dies zeigt sich deutlich in seinen beiden Essaybänden Totenberg (2012) und Unsere leere Herzen (2017). Die Romane wiederum sind ein komplexes Geflecht aus literarischen und kulturtheoretischen Sinnzusammenhängen. Zeitbezug, Durchleuchtung gesellschaftlicher Verhältnisse, aber auch eine lebendige Gestaltung der Figuren kennzeichnen Thomas Hettches Schreibweise. Unterhaltung und ein kulturwissenschaftlicher Blick werden in Hettches Romanen höchst artifiziell miteinander verbunden.
Eine intensive Auseinandersetzung mit den teils historisch verbürgten, teils fiktiv geschaffenen Figuren prägt seine Romane. So erinnert Pfaueninsel (2016) an Maria Dorothea Strakon, das letzte Schlossfräulein des preußischen Insel-Idylls bei Potsdam. Gerade ihre Kleinwüchsigkeit eröffnet eine ganz eigene Wahrnehmung der damaligen Gesellschaft in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Die Außenseiterposition (so auch in Der Fall Aborgast (2017), aber auch die biografische Extremerfahrung (Woraus wir gemacht sind (2006)) sind wiederkehrende Elemente in Hettches Schreiben.